离职扣款通常不包括已发工资。以下是详细解析：

首先，根据《劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且在劳动关系解除或终止时，用人单位应一次付清劳动者工资。这意味着，劳动者离职时，用人单位有义务结清并支付其应得的工资，且不得无故克扣。

其次，离职扣款可能涉及的是因劳动者原因给用人单位造成的经济损失的赔偿。然而，这种赔偿不能随意从工资中扣除，而必须遵循一定的规则和限制。具体来说，若需从工资中扣除赔偿，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

再者，离职赔偿（如经济补偿金、赔偿金等）与当月工资是分别计算和支付的。离职赔偿是针对特定法定情形或用人单位违法解除、终止劳动合同时给予的补偿，其计算依据和性质与当月工资完全不同。因此，用人单位在支付离职赔偿时，需另外结算并支付劳动者当月工资。

综上所述，离职扣款通常不包括已发工资。若用人单位无故克扣工资或未按时支付离职赔偿，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。