用人单位注销后，劳动者可以起诉其主管部门确认劳动关系。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 用人单位注销后的法律主体问题

1. 用人单位注销的法律后果：用人单位一旦注销，其法律主体资格即告消灭，无法再作为诉讼或仲裁的主体。
2. 主管部门的责任：在某些情况下，用人单位的主管部门或出资人可能需要对用人单位的遗留问题承担责任，包括但不限于劳动关系的确认。

二. 劳动关系的确认

1. 确认劳动关系的必要性：对于劳动者而言，确认劳动关系是维护自身权益的基础，如要求支付工资、经济补偿金等。
2. 确认劳动关系的途径：通常，劳动者可以通过劳动合同、社保缴纳记录、工资支付凭证等证据来确认劳动关系。若用人单位已注销，这些证据可能难以直接获取，此时起诉主管部门成为一种可能的途径。

三. 法律依据

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：该法规定了劳动争议的解决途径，包括调解、仲裁和诉讼。虽然用人单位注销后无法再作为仲裁或诉讼的主体，但劳动者仍然有权通过法律途径维护自己的权益。
2. 相关司法解释：根据最高人民法院的相关司法解释，用人单位注销后，劳动者可以起诉其主管部门或出资人等，要求确认劳动关系并处理相关劳动争议。

综上所述，用人单位注销后，劳动者可以起诉其主管部门来确认劳动关系。这是因为用人单位注销后，其主管部门或出资人可能需要对用人单位的遗留问题承担责任，包括劳动关系的确认。劳动者可以通过起诉主管部门，并依据相关法律法规和司法解释来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。