对于有土地租赁合同的违规建筑，处理起来需要综合考虑法律法规、合同约定以及民事责任等多个方面。以下是对这一问题的详细解答：
一、违规建筑的处理
法律依据：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》，未经批准进行临时建设、未按照批准内容进行临时建设，或超过批准期限不拆除的违规建筑，城乡规划主管部门有权责令限期拆除，并可处以罚款。
- 《中华人民共和国土地管理法》规定，非法占用土地进行建设的，自然资源主管部门可以责令退还土地，限期拆除建筑物，并恢复土地原状。
具体处理方式：
- 首先，由规划、建设部门负责认定违规建筑，并依法责令限期拆除或整改，同时可作出行政处罚。
- 土地管理部门也会监督检查土地使用情况，对严重违规者可依法收回土地使用权。
二、合同违约责任的承担
审查合同条款：
- 需要仔细检查土地租赁合同，确认合同中是否有关于禁止建设违规建筑或对建设行为进行明确约定的条款。
法律依据与处理：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十二条，如果履行不符合约定，应按照当事人约定承担违约责任。若无约定或约定不明确，受损害方可以合理选择请求对方承担修理、重作、更换、退货、减少价款或报酬等违约责任。
- 如果承租人构成根本违约，出租人可以依据合同约定和法律规定解除合同，并要求承租人恢复原状、赔偿损失。
协商与法律途径：
- 双方应首先尝试协商解决，包括赔偿金额等事宜。
- 如果协商不成，受损害方可以通过法律途径解决，即向法院提起诉讼，请求违约方承担相应责任。此时需要准备民事诉讼状及相关证据材料，如土地租赁合同、违规建筑证明等，并按照法院通知参与诉讼活动。
三、其他考虑因素
历史遗留问题：
- 对于因历史原因形成的违规建筑，需要综合考虑政策背景、实际情况等因素，采取灵活处理方式，如补办相关手续使其合法化。
涉及民生等特殊情况：
- 如果违规建筑涉及民生问题，如为居民提供必要生活设施或就业机会，需要在依法处理的前提下，寻求妥善解决办法，以兼顾社会稳定和民生保障。
预防措施：
- 出租人在签订租赁合同时应明确约定土地用途、建筑规范及违约责任等相关条款，并定期巡查租赁土地，及时发现并制止违章建筑行为。
四、总结
处理有土地租赁合同的违规建筑问题，需要综合运用法律法规、合同约定以及民事责任等手段。在依法处理违规建筑的同时，也要注重保护合同当事人的合法权益。通过协商或法律途径解决争议，可以确保处理结果的公正性和合法性。同时，出租人和承租人在签订合同时应明确相关条款，以预防未来可能出现的纠纷。