针对“租赁合同纠纷中合意违法修建的房屋该怎么处理”这一问题，核心结论是：违法修建的房屋因违反法律强制性规定，租赁合同通常会被认定无效，房屋可能面临拆除、没收等行政处罚，相关损失需根据双方过错程度分担。以下从法律定性、合同效力、处理方式、责任分担四个角度展开分析：

1. 违法修建房屋的法律定性

根据《城乡规划法》第64条，未取得建设工程规划许可证或未按许可建设的房屋属于违法建筑。若租赁双方明知房屋违法仍签订合同，属于“恶意串通损害国家利益”或“违反法律强制性规定”的行为，房屋本身可能被行政机关责令限期拆除、没收实物或违法收入，并处罚款。

2. 租赁合同的效力认定

根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为无效。因此，以违法建筑为标的的租赁合同原则上无效，双方不得基于合同主张租金、违约金等权利。但若房屋在起诉前已补办合法手续（如取得规划许可），合同可能被认定有效（参考《城镇房屋租赁合同纠纷司法解释》第2条）。

3. 违法建筑的处理方式

• 行政程序：行政机关可依据《城乡规划法》第64-68条，对违法建筑采取限期改正、罚款、拆除、没收等措施。租赁双方需配合处理，否则可能面临强制执行。
• 司法程序：在租赁纠纷诉讼中，法院可能依职权或当事人申请，对房屋合法性进行审查。若认定违法，法院会驳回当事人基于合同提出的诉求（如要求支付租金），并可能向行政机关发出司法建议。

4. 损失分担与责任划分

合同无效后，双方需根据过错程度分担损失（如装修费、拆除费等）：

• 出租方责任：若房屋系出租方违法修建，其通常承担主要过错，需赔偿承租方实际损失（如合理装修费用，但需扣除折旧）。
• 承租方责任：若承租方明知房屋违法仍租赁，或参与违法建设，需自行承担部分损失（如扩建费用）。
• 特殊情形：若双方均无过错（如历史遗留问题），可能按公平原则分担损失。

实务建议

1. 立即停止使用违法建筑，避免行政处罚扩大损失。
2. 收集证据：包括规划许可文件、沟通记录、付款凭证等，以证明双方过错程度。
3. 协商或诉讼：优先与对方协商赔偿方案；若协商不成，可起诉要求过错方赔偿损失（注意诉讼时效为3年）。

若涉及具体案件细节（如房屋建设时间、行政处罚进展等），可进一步向我说明，我会结合证据为您制定应对策略。