针对您提出的“租用土地上违法建筑怎么办”的问题，这是一个涉及法律法规、合同约定以及民事责任等多方面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、违法建筑的认定与处理
法律依据：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》，未经批准进行临时建设、未按照批准内容进行临时建设，或超过批准期限不拆除的建筑，均被视为违规建筑。城乡规划主管部门有权责令限期拆除，并可处以罚款。
- 同时，《中华人民共和国土地管理法》也规定，非法占用土地进行建设的建筑，由自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除建筑物，并恢复土地原状。
处理方式：
- 规划、建设部门会负责认定违规建筑，并依法责令限期拆除或整改。若逾期不拆除，相关部门有权采取强制拆除措施，并可能对责任人处以罚款。
- 土地管理部门会监督检查土地使用情况，对于严重违规者，有权依法收回土地使用权。
二、合同违约责任的承担
审查合同条款：
- 您需要仔细检查土地租赁合同，确认合同中是否有关于禁止建设违规建筑或对建设行为进行明确约定的条款。这些条款将作为后续处理的重要依据。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若承租人违反合同约定，构成根本违约，出租人有权依据合同约定和法律规定解除合同，并要求承租人恢复原状、赔偿损失。
处理方式：
- 在发现违规建筑后，您应首先与承租人进行协商，要求其自行拆除或整改违规建筑，并承担相应的违约责任。
- 若协商不成，您可以依据合同约定和法律规定，向法院提起诉讼，请求违约方承担相应责任。在诉讼过程中，您需要准备民事诉讼状及相关证据材料，如土地租赁合同、违规建筑证明等，并按照法院通知参与诉讼活动。
三、其他考虑因素
历史遗留问题：
- 对于因历史原因形成的违规建筑，处理时需综合考虑政策背景、实际情况等因素。在某些情况下，可能可以通过补办相关手续使其合法化。
涉及民生等特殊情况：
- 若违规建筑涉及民生问题，如为居民提供必要生活设施或就业机会，处理时需在依法进行的前提下，寻求妥善解决办法，以兼顾社会稳定和民生保障。
预防措施：
- 作为出租人，在签订租赁合同时应明确约定土地用途、建筑规范及违约责任等相关条款，以预防违规建筑的发生。同时，定期巡查租赁土地，及时发现并制止违章建筑行为也是非常重要的。
四、总结与建议
处理租用土地上的违法建筑问题，需要综合运用法律法规、合同约定及民事责任等手段。在依法处理违规建筑的同时，也要注重保护合同当事人的合法权益。我建议您首先与承租人进行协商，尝试通过友好方式解决问题；若协商不成，再考虑通过法律途径解决争议。同时，加强预防措施，避免类似问题的再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。