针对您提出的问题，即申请执行人仅与同案一部分被执行人签订长期履行和解协议时，法院应如何结案处理，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，执行和解是当事人之间自愿协商达成的，旨在变更生效法律文书确定的权利义务主体、履行标的、期限、地点和方式等内容。根据《最高人民法院关于执行和解若干问题的规定》，和解协议可以采用书面形式，并且在一定条件下，法院可以裁定中止执行。

当申请执行人仅与部分被执行人达成和解协议时，法院的处理方式应综合考虑以下几点：

1. 和解协议的有效性：

   • 部分被执行人与申请执行人达成的和解协议，只要内容合法、意思表示真实，且未损害其他未参与协商的被执行人的合法权益，通常应认定为有效。
   • 法院在确认和解协议有效性时，应审查协议内容是否违反法律、法规的强制性规定，是否损害国家、集体或第三人的利益，以及是否存在其他无效或可撤销的情形。

2. 对其他被执行人的影响：

   • 和解协议仅对参与协商并签字确认的被执行人有约束力。
   • 对于未参与协商或未签字确认的被执行人，和解协议不具有强制执行力。法院不能仅凭和解协议就对这些被执行人采取执行措施。

3. 结案处理的方式：

   • 如果和解协议履行期限较长，且申请执行人同意，法院可以裁定终结执行程序。但需要注意的是，这种终结执行并不是对原生效法律文书的全面终结，而是基于和解协议的暂时中止。
   • 如果和解协议在履行过程中发生争议或被执行人未按协议履行，申请执行人有权申请恢复执行原生效法律文书。
   • 法院在裁定终结执行时，应明确说明终结执行的理由和依据，并告知申请执行人和被执行人相关的权利和义务。

4. 特殊情况的考虑：

   • 如果部分被执行人下落不明或无法联系，法院在确认和解协议有效性时，应更加谨慎。必要时，可以通过公告或其他方式告知未参与协商的被执行人相关情况，并听取其意见。
   • 如果和解协议涉及对未参与协商的被执行人权利的处分（如免除部分债务、增加负担等），则需要征得这些被执行人的同意或追认。否则，和解协议对这些被执行人无效。

综上所述，当申请执行人仅与同案一部分被执行人签订长期履行和解协议时，法院应首先确认和解协议的有效性，并考虑其对其他被执行人的影响。在符合相关法律规定和程序要求的前提下，法院可以裁定终结执行程序，但应保留申请执行人在和解协议未履行或发生争议时申请恢复执行的权利。