针对您提出的“医院职工不上班院长包庇怎么办”这一问题，首先我们要明确的是，这涉及到劳动纪律与医院管理两个主要方面。以下是我根据法律实务经验为您提供的详细解答：

1. 明确劳动纪律：

   • 医院职工不上班，首先违反了劳动纪律和医院的规章制度。通常情况下，医院会有相应的考勤制度和劳动纪律规定，职工应当遵守。
   • 如果职工确实存在不上班的情况，且没有合理的请假或调休手续，那么医院有权依据相关规章制度进行处理，如警告、罚款、甚至解除劳动合同等。

2. 分析院长包庇行为：

   • 院长作为医院的管理者，应当公正、公平地处理职工的问题。如果院长确实存在包庇不上班职工的行为，这可能违反了医院的内部管理规定，甚至可能构成对劳动纪律的漠视或滥用职权。
   • 您可以通过收集相关证据（如考勤记录、证人证言等）来证实院长的包庇行为。

3. 采取相应措施：

   • 内部反映：首先，您可以尝试向医院的上级管理部门或纪检监察部门反映情况，说明职工不上班以及院长包庇的事实，并要求他们进行调查和处理。
   • 外部投诉：如果内部反映没有得到有效解决，您可以向当地的卫生健康行政部门或劳动监察部门进行投诉，请求他们介入调查并给出处理意见。
   • 法律途径：在必要时，您也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。比如，如果院长的包庇行为导致您或其他职工受到了不公正的待遇，您可以咨询律师并考虑提起民事诉讼或行政诉讼。

4. 注意事项：

   • 在整个过程中，请务必保持冷静和理性，避免采取过激行为。
   • 收集证据时，请确保证据的合法性和有效性。
   • 如果需要法律帮助，请随时向我咨询，我会为您提供专业的法律支持。

综上所述，面对医院职工不上班且院长包庇的情况，您可以通过明确劳动纪律、分析院长行为、采取相应措施以及注意相关事项来妥善处理。希望这些建议能对您有所帮助。