如果医院院长侵害职工权益，职工可以通过内部申诉、劳动监察投诉、申请劳动仲裁或提起民事诉讼等途径维护自身合法权益。以下是具体分析：

1. 明确侵害类型与证据收集
   职工需先明确院长侵害权益的具体类型（如拖欠工资、未缴社保、违法解除合同、性骚扰、侵犯人格权等），并收集相关证据，例如：

   • 劳动合同、工资条、考勤记录等证明劳动关系的材料；
     
   • 书面通知、录音、聊天记录等证明侵权行为的证据；
     
   • 医疗记录、证人证言等证明损害后果的材料。
     证据的充分性直接影响维权效果，建议优先以书面形式固定证据。

2. 内部申诉与工会介入
   若医院设有工会或职工代表大会，职工可先通过内部渠道申诉，要求工会介入协调。根据《劳动法》和《工会法》，工会有义务代表职工与用人单位协商，维护职工合法权益。此途径成本较低，但需注意保留申诉记录（如书面申请、邮件等）。

3. 向劳动监察部门投诉
   若院长侵害行为涉及违反劳动法律法规（如拖欠工资、超时加班、未缴社保等），职工可向当地劳动保障监察大队投诉。监察部门有权责令医院改正，并可对违法行为进行行政处罚。投诉需提交书面材料（包括证据和诉求），处理周期通常为60个工作日内。

4. 申请劳动仲裁
   若争议涉及劳动权益（如经济补偿、赔偿金、未签合同双倍工资等），职工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁是诉讼的前置程序，需在知道权益被侵害之日起1年内提出。仲裁裁决具有法律效力，若医院不履行，职工可申请法院强制执行。

5. 提起民事诉讼
   若院长侵害行为涉及人身权（如名誉权、隐私权、性骚扰等）或财产权（如侵占财物、商业秘密等），职工可直接向法院提起民事诉讼。此类诉讼不受劳动仲裁前置限制，但需注意诉讼时效（通常为3年）。若院长行为涉嫌犯罪（如职务侵占、故意伤害等），职工还可向公安机关报案。

6. 特殊情形处理

   • 公立医院院长：若医院为事业单位，院长侵害行为可能涉及《事业单位工作人员处分暂行规定》，职工可向医院上级主管部门（如卫健委）举报，要求行政处分。
     
   • 集体权益受损：若多名职工权益被侵害，可推选代表协商或申请集体仲裁，降低维权成本。
     
   • 匿名举报：若担心报复，职工可通过邮政EMS寄送举报材料（留存寄送凭证），或向纪委监委、卫健委等部门匿名举报院长违法违纪行为。

温馨提示：维权过程中需注意程序合法性，避免采取过激行为（如停工、闹事等），否则可能承担法律责任。若对证据收集或程序有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情形提供详细方案。