院长利用职务包庇职工无假条不上班却发全工资的行为，主要违反了《中华人民共和国劳动法》以及《中华人民共和国劳动合同法》中的相关规定。具体来说：

1. 违反劳动纪律和规章制度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第二十五条，劳动者严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。虽然此条款直接关联的是解除劳动合同的情形，但它也隐含了劳动者需遵守劳动纪律和规章制度的基本要求。院长包庇职工无假条不上班，实际上是对劳动纪律的漠视和破坏。
   • 用人单位通常会有明确的规章制度，规定员工请假、考勤等事项。职工无假条不上班，显然违反了这些规章制度。院长作为管理者，不仅未对此进行纠正，反而包庇并支付全工资，这同样是对规章制度的践踏。

2. 违反公平原则和诚实信用原则：

   • 劳动法及劳动合同法均强调劳动关系中的公平原则和诚实信用原则。院长利用职务之便，为特定职工提供特殊待遇（如无假条不上班却发全工资），这显然违背了公平原则，对其他遵守规定的员工不公平。
   • 诚实信用原则要求劳动关系双方在履行合同过程中应诚实守信，不得损害对方利益。院长的行为显然损害了用人单位的利益，也破坏了劳动关系的和谐稳定。

3. 可能涉及滥用职权或贪污腐败：

   • 如果院长的行为是出于个人私利或为了谋取不正当利益，那么这种行为还可能构成滥用职权或贪污腐败。虽然这超出了劳动法的范畴，但它是院长行为可能引发的更严重法律后果。

法律后果与建议：

• 对于用人单位而言，应立即停止这种违法行为，对涉事职工进行相应处理（如扣发工资、警告、解除劳动合同等），并对院长进行问责。
• 如果院长的行为已经给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求其赔偿。
• 如果院长的行为涉嫌滥用职权或贪污腐败，用人单位或相关利益方可以向有关部门举报，依法追究其法律责任。

作为劳动者或用人单位，如果遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，了解具体法律条款和维权途径。同时，也应加强内部管理，完善规章制度，确保劳动关系的和谐稳定。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。