关于车辆转让协议书是否可以由他人代签的问题，这主要取决于是否有合法的委托授权以及具体的情境。
一、可以代签的情况
如果转让协议的当事人因某种原因（如身体原因）无法亲自到场签署协议，他们可以选择出具合法的委托授权书，明确表明被委托人有代签的权利。在这种情况下，被委托人代签的行为等同于当事人自己的行为，该协议对当事人具有法律效力。
二、不可代签的情况
无合法委托授权：如果没有合法的委托授权，即被代签人未出具授权委托书或未明确委托他人代签，那么代签行为通常是不被认可的。这种情况下，协议可能会被认定为无效或存在瑕疵，从而引发法律纠纷。
汽车不过户转让协议书的特殊情况：对于汽车不过户转让协议书，由于其涉及到车辆所有权的变更等重要事宜，依据相关法律法规，一般需要转让双方本人亲自签署协议，以确保双方的真实意愿和权益得到保障。若由他人代签，可能会引发后续的法律纠纷，如产权归属不清等问题。因此，在这种情况下，应尽量避免代签。
三、代签的法律效力
有合法授权：若代签人有被代签人的合法授权，即有书面或口头的委托代理协议，且在授权范围内代签，那么该转让协议合法有效，对被代签人具有约束力。
无合法授权但事后追认：若代签时没有授权，但事后被代签人追认该代签行为，那么协议也有效。然而，如果被代签人拒绝追认，那么协议对被代签人无效，且代签人可能需要承担相应的责任。
协议内容违法：此外，即使代签人有合法授权，但如果协议内容本身违反法律法规强制性规定或公序良俗，那么协议也可能无效。
综上所述，车辆转让协议书是否可以由他人代签取决于多种因素，包括是否有合法的委托授权、具体的情境以及协议内容是否合法等。为避免潜在的法律风险，建议在签署转让协议前仔细咨询专业律师或相关机构，并确保所有手续齐全、合法有效。