对于用人单位招用了没有合法身份证件的人员，处理方式主要依据相关的法律法规进行。以下是对此问题的详细解答：

首先，根据《就业服务与就业管理规定》（2007年劳动和社会保障部令第28号）的相关规定，用人单位在招用人员时，不得招用无合法身份证件的人员。若用人单位违反了这一规定，将由劳动保障行政部门责令改正，并可处以一千元以下的罚款。此外，如果这种行为对当事人造成了损害，用人单位还需要承担赔偿责任。

在具体的处理流程上，劳动保障行政部门将按照以下步骤进行：

1. 立案责任：对于用人单位招用无合法身份证件人员的行为，劳动保障行政部门将进行调查处理，并及时立案。
2. 调查责任：立案后，劳动保障行政部门将严格按照程序组织调查工作，收集有关证据，以确保事实清楚、证据确凿。
3. 审查责任：调查终结后，劳动保障行政部门将对调查结果进行审查，根据不同情况作出相应的处理决定。
4. 告知责任：在作出行政处罚决定前，劳动保障行政部门将告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。
5. 决定责任：根据审查结果，劳动保障行政部门将依法作出行政处罚决定，如责令改正、罚款等。
6. 送达责任：行政处罚决定书将依法送达当事人，确保当事人了解并履行相关义务。
7. 执行责任：当事人应当在行政处罚决定的期限内予以履行。如果当事人不履行，行政机关将采取相应措施强制执行。

此外，如果用人单位的行为已经构成了犯罪，那么将依法移送司法机关进行处理。

综上所述，用人单位招用了没有合法身份证件的人员，将面临劳动保障行政部门的责令改正、罚款等行政处罚，并可能需要对造成的损害承担赔偿责任。因此，建议用人单位在招用人员时，务必严格审查应聘者的身份证件和相关信息，确保合法合规。