用人单位因经济纠纷扣留个人档案是违法的。
首先，从法律角度来看，用人单位无权因经济纠纷扣留员工的个人档案。个人档案是记录员工个人经历、政治面貌、品德作风等情况的文件材料，属于员工个人所有，用人单位只是代为保管。因此，用人单位不能以任何理由，包括经济纠纷，来扣留员工的个人档案。
其次，如果用人单位非法扣留个人档案，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与用人单位沟通：首先尝试与用人单位进行协商，要求其归还个人档案。这是最直接且简便的解决方式。
向劳动监察部门投诉：如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其依法处理用人单位的违法行为。劳动监察部门有权对用人单位进行监督检查，并责令其改正违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理未能解决问题，员工还可以向当地劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，或者依法向人民法院提起诉讼。劳动仲裁委员会和人民法院将依法进行裁决，要求用人单位归还个人档案，并可能赔偿因此给员工造成的损失。
综上所述，用人单位因经济纠纷扣留个人档案是违法的，员工可以采取上述措施来维护自己的合法权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律帮助。