非法经营罪的违法所得通常不扣除成本。这是因为非法经营行为本身就是违法的，其目的就是为了获取经济利益，法律不会因为成本支出而减轻其违法性。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律规定与解释：

   • 非法经营罪所涉及的违法所得，通常是指通过非法经营行为所获取的全部收益。在法律领域中，对于非法经营罪的违法所得是否扣除成本，有着明确的规定，即一般是不会扣除成本的。
   • 这是因为非法经营行为的本质是违法的，其获取的经济利益不应受到法律保护，因此违法所得的计算不会考虑成本因素。

2. 实例说明：

   • 以未经许可的药品销售活动为例，如果某商家从事此类活动并获得了销售款项，那么这些款项即为违法所得。即使商家在销售过程中存在进货成本等支出，这些成本也不能从违法所得中扣除。

3. 法律目的与意义：

   • 这样的规定旨在严厉打击非法经营行为，维护市场秩序和公共利益。如果允许扣除成本，可能会导致一些不法分子以成本核算为由，逃避法律的制裁，从而使非法经营行为得不到有效的遏制。

4. 特殊情况处理：

   • 值得注意的是，虽然一般情况下非法经营罪的违法所得不扣除成本，但在某些特殊情况下，法院可能会根据案件的具体情况和罪责刑相适应的原则，对违法所得的计算方法作出调整。然而，这并不意味着会普遍扣除成本，而是根据个案的具体情况进行裁量。

综上所述，非法经营罪的违法所得通常不扣除成本。这是法律对非法经营行为的严肃惩处，旨在维护市场秩序和公共利益。如果你对此类法律问题有疑问或需要进一步的咨询，请直接向我提问。