公司印章管理人不配合，公司可以依据相关管理制度对其进行处理，必要时可报警或诉诸法院。下面我将分情况详细分析并给出建议：

一. 公司内部处理

1. 依据管理制度处理：首先，公司应查阅自身的印章管理制度或员工手册，看是否有关于印章管理人职责及不配合工作的处理规定。若有，公司可依据这些规定对印章管理人进行相应处理，如警告、罚款、调岗等。

   • 例如，若员工手册规定“印章管理人需配合公司相关部门使用印章，如不配合，公司有权进行警告或调岗处理”，则公司可据此执行。

2. 沟通协商：在采取正式处理措施前，公司可先与印章管理人进行沟通，了解其不配合的原因，尝试通过协商解决问题。

二. 法律途径解决

1. 报警：如果印章管理人拒不配合，且其行为涉嫌违法（如私自使用印章、拒不交还印章等），公司可向公安机关报案，由公安机关依法处理。

   • 例如，若印章管理人私自使用印章进行非法活动，公司报警后，公安机关可依法对其进行调查处理。

2. 诉诸法院：若公司内部处理及报警均无法解决问题，公司可将印章管理人诉至法院，要求其履行配合义务或承担相应法律责任。

   • 例如，公司可起诉印章管理人违反劳动合同或公司规定，要求法院判决其履行配合义务或赔偿公司损失。

我建议：公司在处理此类问题时，应首先尝试通过内部管理制度和沟通协商解决问题。若内部处理无果，再考虑采取法律途径。同时，公司应加强对印章的管理和监督，确保印章的安全和合规使用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。