结论前置：若公司公章被法定代表人不配合，公司可通过合法程序重新刻制公章并申请电子印章，或通过法律途径解决法定代表人不配合的问题后再申请电子印章。

核心前提：公司公章是公司对外进行法律行为的重要凭证，法定代表人的不配合可能影响公司的正常运营。在此情况下，公司需通过合法途径解决公章问题，并申请电子印章以保障业务连续性。

具体分析：

1. 重新刻制公章并申请电子印章：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司有权刻制和使用公章。若原公章被法定代表人不配合使用，公司可通过股东会决议或董事会决议等方式，决定重新刻制公章。
   • 操作步骤：
     1. 召开股东会或董事会，形成重新刻制公章的决议。
     2. 凭决议到公安机关申请刻制新公章，并办理备案手续。
     3. 使用新公章申请电子印章，通常需通过电子印章服务平台进行申请和认证。

2. 通过法律途径解决法定代表人问题：

   • 法律依据：若法定代表人的不配合行为违反了公司章程或法律规定，公司可通过法律途径追究其责任，并要求其配合使用公章。
   • 操作步骤：
     1. 收集证据，证明法定代表人的不配合行为及其对公司造成的损害。
     2. 向法院提起诉讼，要求法定代表人履行职责或赔偿损失。
     3. 在诉讼过程中，可申请法院采取保全措施，如查封、扣押原公章，以确保公司正常运营。
     4. 待问题解决后，使用合法公章申请电子印章。

注意事项：

• 在重新刻制公章或通过法律途径解决问题时，公司应确保所有行为均符合法律法规和公司章程的规定。
• 申请电子印章时，应选择正规、可靠的电子印章服务平台，并确保电子印章的安全性和合法性。
• 若公司内部存在分歧或争议，建议通过协商、调解等方式解决，以避免不必要的法律纠纷。

建议：在处理此类问题时，公司应首先评估法定代表人不配合的具体原因和影响程度，然后选择合适的解决方案。如有需要，可直接向我咨询相关法律问题。