由施工单位付审计费是否合法，取决于具体的合同约定和法律法规。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程合同中，如果双方明确约定了审计费用的承担方为施工单位，那么施工单位支付审计费就是合法的，因为这是基于双方自愿达成的协议。
   • 如果合同中没有明确约定审计费用的承担方，或者约定不明确，那么就需要根据相关法律法规来判断。

2. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国合同法》（虽已废止，但相关原则在新颁布的《民法典》中仍有体现）的规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护，对当事人具有法律约束力。
   • 在建设工程领域，审计费用通常被视为工程成本的一部分。如果法律法规或行业惯例没有明确规定审计费用必须由哪一方承担，那么双方可以通过协商在合同中约定。

3. 实际情况分析：

   • 在实践中，审计费用的承担方可能因项目性质、合同条款、行业惯例等因素而有所不同。
   • 有些项目可能由建设单位（即发包方）承担审计费用，作为其对工程质量和造价进行把控的一部分；而有些项目则可能由施工单位承担，作为其提供施工服务并接受审计监督的代价。

4. 建议与注意事项：

   • 在签订建设工程合同时，双方应明确约定审计费用的承担方，以避免后续产生争议。
   • 如果合同中没有明确约定，且双方对审计费用的承担存在争议，建议通过协商或法律途径解决。
   • 施工单位在支付审计费用前，应仔细审查合同条款和相关法律法规，确保自己的权益不受损害。

综上所述，由施工单位付审计费是否合法，主要取决于合同的具体约定和相关法律法规的规定。在签订合同时，双方应明确约定相关条款，以避免后续争议的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。