合同关系被认定为另种法律关系时，仲裁协议的有效性需具体分析。
在合同纠纷中，如果合同关系被认定为另一种法律关系，那么仲裁协议的有效性就会受到这种法律关系认定的影响。以下是对此问题的详细分析：
仲裁协议独立性原则：
- 仲裁协议具有相对的独立性，即使合同关系被认定为另一种法律关系，仲裁协议本身并不因此当然无效。
- 仲裁协议的效力取决于其是否符合法律规定的有效要件，如双方当事人的真实意思表示、明确的仲裁事项和选定的仲裁委员会等。
法律关系认定对仲裁协议的影响：
- 如果合同关系的认定变化导致仲裁协议所依据的基础法律关系不存在，那么仲裁协议可能因缺乏基础而无效。
- 但如果仲裁协议中明确约定了仲裁事项，且该事项与合同关系的认定变化无关，那么仲裁协议仍然有效。
具体案例分析：
- 在某些案例中，法院可能会认为，尽管合同关系被认定为另一种法律关系，但仲裁协议仍然有效，因为双方当事人有明确的仲裁意愿，并且仲裁事项与争议有实质联系。
- 而在其他案例中，如果合同关系的认定变化导致仲裁协议无法执行或失去意义，那么法院可能会认定仲裁协议无效。
法律建议：
- 在签订合同时，应谨慎考虑仲裁协议的条款，确保其符合法律规定的有效要件，并明确约定仲裁事项和选定的仲裁委员会。
- 如果合同关系存在争议或可能被认定为另一种法律关系，应及时咨询专业律师，对仲裁协议的效力进行评估和风险防范。
综上所述，合同关系被认定为另种法律关系时，仲裁协议的有效性需根据具体情况进行分析。如果仲裁协议符合法律规定的有效要件，且其约定的仲裁事项与争议有实质联系，那么仲裁协议仍然有效。但如果合同关系的认定变化导致仲裁协议无法执行或失去意义，那么仲裁协议可能无效。因此，在签订合同时应谨慎考虑仲裁协议的条款，并在必要时咨询专业律师。