合同协议废除后，仲裁条款通常仍然有效。这一结论主要基于仲裁条款的独立性原则以及相关法律法规的规定。下面我将从多个角度详细分析这一问题：
一、法律依据与独立性原则
《中华人民共和国仲裁法》第十九条明确规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。”这一规定确立了仲裁条款的独立性原则，即仲裁条款作为合同中的一个特殊部分，其效力不受主合同状态变化的影响。无论合同是否被废除，仲裁条款仍然保持其法律效力，可以作为解决双方争议的依据。
《中华人民共和国民法典》第五百六十七条也指出：“合同的权利义务关系终止，不影响合同中结算和清理条款的效力。”仲裁条款作为一种解决合同纠纷的机制，同样属于此类“结算和清理条款”，因此在合同废除后仍应保持有效。
二、仲裁条款的独立性质与功能
仲裁条款具有相对的独立性，它不同于合同中规定双方具体权利和义务的其他条款。仲裁条款的目的是为了在争议发生时，提供一种双方都认可的争议解决方式，确保当事人能够通过公正、高效的仲裁程序来解决纠纷。这种独立性保障了当事人在订立合同时对于争议解决方式的预期和选择，即使合同被废除，这种预期和选择也不应被轻易否定。
三、实践应用与操作流程
在合同废除后，如果双方仍存在未解决的纠纷，可以依据仲裁条款向有管辖权的仲裁机构申请仲裁。仲裁机构将按照仲裁条款的约定和法律规定进行裁决，该裁决结果具有法律效力，对双方当事人均具有约束力。这一流程确保了即使合同被废除，双方仍然可以通过仲裁这一高效、公正的方式解决争议。
四、特殊情况及考量因素
尽管仲裁条款在合同废除后通常保持有效，但以下特殊情况可能影响其效力：
仲裁条款本身的有效性问题：如果仲裁条款存在法定的无效情形，如仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、仲裁协议是通过欺诈、胁迫等手段订立的、仲裁协议不具备法定的形式要件或违反了法律强制性规定等，那么即使合同废除，该仲裁条款也是无效的。
当事人的另行约定：在某些特殊情况下，当事人可能在合同废除时或之后，通过协商一致另行约定了争议解决方式，并明确表示放弃原有的仲裁条款。在这种情况下，应当尊重当事人的新约定，原仲裁条款不再适用。
合同废除的原因与仲裁条款的关系：如果合同废除是因一方严重违约导致，且该违约行为同时违反了仲裁条款的约定，可能会影响仲裁条款的执行力。但这需要具体情况具体分析，并结合相关法律法规进行综合判断。
五、建议与总结
在签订合同时，双方应充分协商并明确仲裁条款的内容，确保仲裁条款符合法律法规的规定，并能够满足双方在争议解决方面的需求。
在合同废除前，双方应仔细审查合同中的仲裁条款，了解其可能产生的法律效力。如果发现存在任何问题或疑虑，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。
在合同废除后，如果双方仍存在未解决的纠纷，应依据仲裁条款向有管辖权的仲裁机构申请仲裁，以维护自身的合法权益。
综上所述，合同协议废除后，仲裁条款通常仍然有效。但具体情况还需根据合同约定、相关法律法规以及实际案情进行综合分析和判断。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。