公司因卫生不合格对员工进行罚款，在大多数情况下是不合法的。具体分析如下：
一. 罚款的合法性分析
通常不合法的原因：
- 缺乏法律依据：根据我国法律，罚款是一种行政处罚权，只有行政机关或法律授权的组织才有权实施。公司作为民事主体，并不具备罚款的权力。因此，公司随意对劳动者进行罚款是违法的。
- 违背劳动合同关系本质：劳动者与用人单位之间是基于劳动合同建立的平等关系。用人单位不能未经法定程序和约定，随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者通过劳动获得的报酬，用人单位有义务按照劳动合同约定足额支付。
可能合法的特殊情况：
- 规章制度明确规定且合理：如果公司在依法制定的规章制度中明确规定了卫生不达标的具体情形及相应的罚款措施，并且该规章制度制定程序合法，同时罚款金额合理且不影响劳动者基本生活，那么公司依据此规章制度进行的罚款可能被认定有效。
- 造成公司实际损失：若因卫生问题导致公司遭受实际经济损失，公司可以要求劳动者赔偿损失，但需遵循一定程序。
二. 公司的合法处理方式
如果员工违反公司卫生规定，公司应采取合法手段进行处理，如进行批评教育、依据劳动合同中的约定扣发奖金或其他福利、在严重情况下解除劳动合同等。
三. 员工权益保护
员工在面对公司的不合法罚款时，有权采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与公司进行沟通协商，要求其说明罚款依据；
- 向劳动监察部门投诉；
- 申请劳动仲裁；
- 如对仲裁结果不满，可在规定时间内向法院提起诉讼。
四. 总结与建议
综上所述，公司因卫生不合格对员工进行罚款需谨慎行事，确保行为合法合规。在大多数情况下，公司无权对员工进行罚款。我建议公司应依法管理员工，通过合法手段促进员工遵守公司规定和劳动纪律。同时，员工也应了解自己的权益，并在面对不合法罚款时积极采取措施维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。