上一天休一天的工作制度下，加班工资的计算方式主要依据国家的劳动法规，并需结合具体的工时制度、劳动合同约定以及实际出勤情况来确定。以下是对这一问题的详细解答：

一、基本原则

1. 加班定义：加班是指员工在法定工作时间外，因工作需要而进行的额外工作。
2. 加班工资支付原则：
   • 工作日加班：支付不低于本人小时工资标准的1.5倍加班工资。
   • 休息日加班：若不能安排补休，则支付不低于本人日或小时工资标准的2倍加班工资。
   • 法定节假日加班：支付不低于本人日或小时工资标准的3倍加班工资。

二、工时制度与加班工资计算

1. 标准工时制：

   • 每日工作不超过8小时，每周工作不超过40小时。
   • 若“上一天”超过8小时，则超出部分视为加班，按1.5倍时薪计算加班工资。
   • 若“上一天”为休息日或法定节假日，则按相应倍数支付加班工资。

2. 综合计算工时制：

   • 以周、月、季等为周期综合计算工作时间。
   • 平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
   • 超出部分视为加班，按相应规定支付加班工资。

3. 不定时工作制：

   • 需经劳动行政部门审批，适用于特定行业和岗位。
   • 工资通常按约定发放，不区分工作日和休息日。
   • 但法定节假日工作仍需支付3倍加班工资。

三、具体计算方法

1. 确定加班工资基数：

   • 根据劳动合同约定或用人单位规章制度确定。
   • 若无明确约定，则按员工本人正常工作时间工资计算。

2. 计算加班工资：

   • 工作日加班：加班工资 = 时薪 × 1.5 × 加班小时数。
   • 休息日加班：加班工资 = 日薪或时薪 × 2 × 加班小时数（若不能补休）。
   • 法定节假日加班：加班工资 = 日薪或时薪 × 3 × 加班小时数。

四、注意事项

1. 最低工资保障：员工实际所得工资不得低于当地最低工资标准。
2. 证据留存：员工应妥善保存考勤记录、工资条等证据，以备维权之需。
3. 协商解决：对于加班工资计算存在的争议，建议双方首先通过协商解决。协商不成的，可向劳动争议仲裁机构申请仲裁。

综上所述，上一天休一天的加班工资计算需结合具体的工时制度、劳动合同约定以及实际出勤情况来确定。员工应了解自己的权益，并在必要时咨询专业律师或劳动监察部门以维护自己的合法权益。