公司不能因司机辞职而扣其工资来赔偿撞车损失。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

首先，我们需要明确几个关键点：

1. 司机辞职：这是司机的个人行为，与其工作职责和可能造成的损害赔偿是两个独立的事项。
2. 开公司铲车撞了别人的车：这是司机在工作过程中可能发生的职务行为，其后果通常应由公司承担。
3. 扣工资：这是公司对员工的一种处罚或补偿措施，但必须有合法依据。

现在，我们根据这些关键点进行法律分析：

1. 职务行为与公司责任：

   • 司机在开公司铲车时撞了别人的车，如果这是在工作时间和工作地点发生的，且是为了完成工作任务，那么这通常被视为职务行为。
   • 对于职务行为造成的损害，根据《民法典》等相关法律规定，通常应由公司承担赔偿责任，而不是由司机个人承担。

2. 辞职与损害赔偿的关系：

   • 司机的辞职行为与其之前可能造成的损害赔偿没有直接的法律关系。
   • 辞职是司机个人与公司之间劳动关系的终止，而损害赔偿是公司因司机职务行为而对外承担的责任。

3. 扣工资的合法性：

   • 公司不能单方面因司机辞职而扣其工资来赔偿撞车损失，除非公司与司机之间有明确的协议或规定，允许在类似情况下扣工资。
   • 否则，公司扣工资的行为可能构成对司机合法权益的侵犯，司机有权要求公司返还被扣的工资。

综上所述，公司不能因司机辞职而扣其工资来赔偿撞车损失。如果公司认为司机在工作过程中存在过错或疏忽，导致公司承担了不必要的赔偿责任，那么公司可以通过其他合法途径（如提起民事诉讼）来追究司机的责任。同时，我也建议公司在日常管理中加强员工培训和安全管理，以减少类似事故的发生。