针对您提出的问题“单位规定同一科室不能同时怀孕是否合法”，我们可以从《女职工劳动保护特别规定》出发来进行分析。

首先，《女职工劳动保护特别规定》是中华人民共和国国务院为了减少和解决女职工在劳动中因生理特点造成的特殊困难，保护女职工健康而制定的规定。该规定明确指出了用人单位应当遵守的一系列保护女职工权益的条款。

在《女职工劳动保护特别规定》中，并没有直接提及关于同一科室不能同时怀孕的规定。这意味着，从国家法规的层面来看，并没有明确禁止或限制同一科室的女职工同时怀孕。

然而，用人单位可能会出于某种考虑（如工作安排、人力资源调配等）制定内部规定，限制同一科室的女职工同时怀孕。对于这种情况，我们需要具体分析该规定是否合理、是否违反了相关法律法规以及是否侵犯了女职工的合法权益。

如果用人单位的规定违反了《女职工劳动保护特别规定》或其他相关法律法规（如不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退或解除劳动合同等），那么该规定是不合法的。女职工可以依法向相关部门投诉、举报或申请调解仲裁来维护自己的权益。

如果用人单位的规定并未违反相关法律法规，且是基于合理的工作安排和人力资源调配考虑而制定的，那么该规定在合法性的角度上可能是站得住脚的。但即便如此，用人单位也应当充分考虑女职工的实际情况和权益，确保规定不会过分限制或侵犯女职工的合法权益。

综上所述，单位规定同一科室不能同时怀孕是否合法，需要具体分析该规定是否合理、是否违反了相关法律法规以及是否侵犯了女职工的合法权益。如果女职工认为自己的权益受到了侵犯，可以依法向相关部门寻求帮助和维权。