公司扣留员工的生育津贴是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一. 明确法律依据

1. 生育津贴的法定性：根据《中华人民共和国社会保险法》第五十六条，女职工生育享受产假期间，可以按照国家规定享受生育津贴。这是国家法律明确规定的权益。
2. 支付主体与标准：根据《女职工劳动保护特别规定》第八条，对已经参加生育保险的女职工，生育津贴由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，由用人单位按照女职工产假前工资的标准支付。生育津贴高于产假工资的，用人单位不得克扣；低于产假工资的，由用人单位补足差额。

二. 分析公司扣发生育津贴的合法性

• 无权扣押：生育津贴是女职工依法应得的权益，用人单位无权以任何理由扣押或克扣。
• 法律责任：如果用人单位扣发了生育津贴，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬（包括生育津贴），将面临法律责任，包括被责令限期支付、加付赔偿金等。

三. 维权建议

1. 与公司沟通：首先尝试与公司沟通，了解扣发生育津贴的具体原因，并指出其扣发行为不符合法律规定，要求公司及时足额发放。
2. 申请调解或投诉：若沟通无果，可向劳动争议调解委员会申请调解，或向劳动行政部门投诉公司的违法行为。
3. 提起劳动仲裁或诉讼：若调解和投诉均未能解决问题，可提起劳动仲裁；对仲裁结果不满意或公司不履行仲裁裁决的，可向人民法院提起诉讼。

综上所述，公司扣留员工的生育津贴是违法的，员工有权通过一系列法律途径来维护自己的合法权益。我建议员工在遭遇此类情况时，应积极采取措施，依法维权。如有进一步需要，您可以继续咨询我。