如果工厂违法扣除个人所得税，投诉后工厂确实可能需要承担法律责任。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一. 工厂扣税的法律义务
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，个人所得税是由个人自行申报缴纳，或者由扣缴义务人（如工厂）代扣代缴。工厂作为扣缴义务人，有责任正确、合法地代扣代缴个人所得税。
- 如果工厂未经允许擅自扣除员工个人所得税，或者扣除的税额不准确，就可能违反了税法规定。
二. 投诉与法律责任
- 投诉途径：员工发现工厂违法扣税，可以向税务机关投诉，也可以向劳动监察部门反映情况。
- 法律责任：如果工厂确实存在违法扣税行为，税务机关将依法进行调查处理，可能涉及补缴税款、滞纳金，甚至可能面临行政处罚。在严重情况下，如果构成犯罪，还可能追究刑事责任。
三. 实际案例
- 例如，某工厂在未征得员工同意的情况下，擅自扣除员工个人所得税，并且扣除的税额高于实际应缴税额。员工向税务机关投诉后，税务机关经过调查确认工厂存在违法扣税行为，最终工厂被要求补缴税款并支付滞纳金，同时还受到了行政处罚。
综上所述，如果工厂违法扣除个人所得税，员工投诉后工厂确实可能需要承担法律责任。我建议你在投诉前，先收集好相关证据，如工资条、扣税记录等，以便更好地维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。