针对您的问题“原告起诉民间借贷，双方互有转款，法院能否以查明的事实按合同纠纷判决”，我的回答如下：
结论：法院在审理此类案件时，不会仅仅因为双方互有转款就直接按合同纠纷判决，而是会综合考虑双方是否存在借贷合意以及款项是否实际交付等因素，来确定案件的性质和判决结果。
分析说明：
借贷合意的审查：民间借贷的审查重点在于原被告双方是否存在借贷合意。借贷合意是指双方当事人对于借款事项达成一致的意思表示，这是民间借贷关系成立的基础。如果双方互有转款，但并未明确约定这些转款为借款，或者没有充分的证据证明双方存在借贷合意，那么法院就难以将这些转款认定为借款，并按民间借贷纠纷进行判决。
款项交付的审查：除了借贷合意，款项是否实际交付也是民间借贷关系成立的重要条件。即使双方存在借贷合意，但如果款项并未实际交付，那么民间借贷关系也不成立。因此，法院在审理时，会仔细审查双方提供的转账记录等证据，以确定款项是否实际交付。
合同纠纷的判决：如果法院在审理过程中发现，双方互有转款并非基于借贷合意，而是基于其他合同关系（如买卖、租赁、投资等），并且这些合同关系存在纠纷，那么法院可能会根据查明的事实，按合同纠纷进行判决。但这需要双方提供充分的证据证明合同关系的存在以及纠纷的具体情况。
综上所述，法院在审理原告起诉民间借贷且双方互有转款的案件时，会综合考虑多种因素来确定案件的性质和判决结果。如果双方存在借贷合意且款项已实际交付，那么法院可能会按民间借贷纠纷进行判决；如果双方并非基于借贷合意进行转款，而是存在其他合同关系纠纷，那么法院可能会按合同纠纷进行判决。因此，具体判决结果需要根据案件的具体情况和证据来综合判断。