首先，每天给1000名员工发工资是一个相对复杂且需要细致规划的过程。为了确保工资发放的准确性、及时性和合规性，以下是我作为律师根据法律实务经验给出的建议：

1. 选择合适的支付方式：

   • 银行转账：这是最常见且推荐的方式。通过与银行合作，可以确保工资直接、准确地转入每位员工的银行账户。此方式便于记录、追踪，且符合现代财务管理的要求。
   • 第三方支付平台：对于某些特定行业或企业，可能会选择通过第三方支付平台来发放工资。这种方式需要确保平台的安全性和合规性。
   • 现金发放：虽然不推荐，但在某些特殊情况下（如员工无银行账户等），可能需要采取现金发放的方式。此时，应确保有严格的现金管理制度和记录流程。

2. 确保工资计算的准确性：

   • 薪资系统：使用专业的薪资管理系统来计算和记录每位员工的工资。系统应能根据员工的出勤情况、绩效、奖金等因素自动计算应发工资。
   • 核对与审核：在工资发放前，应有专门的人员对薪资系统进行核对和审核，确保数据的准确性和完整性。

3. 遵守相关法律法规：

   • 税收法规：确保按照国家规定扣缴个人所得税和其他相关税费。
   • 劳动法规定：遵守关于最低工资标准、加班费计算、社保缴纳等方面的劳动法规定。
   • 保密义务：保护员工的薪资信息，避免泄露给无关人员。

4. 建立有效的沟通机制：

   • 工资条发放：每月向员工提供详细的工资条，明确列出各项收入、扣款和实发工资。
   • 反馈渠道：建立员工对工资发放问题的反馈渠道，及时解答员工的疑问和处理问题。

5. 考虑特殊情况和应急处理：

   • 员工离职：对于离职员工，应确保工资在离职后按时发放，并处理好相关手续。
   • 系统故障：如果薪资系统出现故障，应有应急处理方案，如手动计算工资、延迟发放等，并确保及时通知员工。

综上所述，每天给1000名员工发工资需要综合考虑支付方式、工资计算、法律法规遵守、沟通机制以及特殊情况处理等多个方面。希望这些建议能对您有所帮助。如果您在实际操作中遇到任何问题，欢迎随时向我咨询。