工伤认定通过后，停工留薪期工资由用人单位负责发放。

具体来说，根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇不变”包括了基本工资、津贴、补贴等各项待遇。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。

如果用人单位未按照法律规定支付停工留薪期工资，工伤职工可以向劳动行政部门投诉，劳动行政部门会责令用人单位限期支付。逾期不支付的，用人单位需要按照应付金额的50%至100%的标准向工伤职工加付赔偿金。

因此，工伤认定通过后，停工留薪期的工资是由用人单位来承担的，这是法律明确规定的责任。如果用人单位不履行这一责任，工伤职工有权通过法律途径来维护自己的合法权益。