结论前置：签订合同时指定不存在的仲裁机构，几年以后该仲裁机构成立了，合同中的仲裁协议是否有效，取决于仲裁协议的具体内容以及相关法律法规的规定。一般来说，如果仲裁协议中明确指定了仲裁机构，而该机构在合同签订时不存在，但在争议发生时已经成立，且符合仲裁法的相关规定，那么仲裁协议可以是有效的。
详细分析：
仲裁协议的有效性：
- 仲裁协议是双方当事人自愿将争议提交仲裁解决的书面意思表示。根据《仲裁法》的规定，仲裁协议应当具有请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会。
- 在本案例中，虽然签订合同时指定的仲裁机构不存在，但如果后续该机构成立，并且双方当事人在仲裁协议中没有明确排除这种情况下的仲裁效力，那么仲裁协议仍然有可能被视为有效。
仲裁机构成立的时间点：
- 关键在于仲裁机构成立的时间点是否影响仲裁协议的有效性。如果仲裁机构在合同签订后、争议发生前已经成立，并且符合仲裁法的相关规定，那么仲裁协议的有效性通常不会受到质疑。
- 如果仲裁机构在争议发生后才成立，那么仲裁协议的有效性可能会受到挑战，因为此时双方当事人在签订合同时无法预见该机构的成立，也就无法明确表达将争议提交给该机构仲裁的意愿。
法律后果：
- 如果仲裁协议被认定为有效，那么双方当事人应当按照协议将争议提交给指定的仲裁机构进行仲裁。
- 如果仲裁协议被认定为无效，那么双方当事人可以通过诉讼等其他方式解决争议。
建议：
- 在签订合同时，应当谨慎选择仲裁机构，并确保其存在且符合仲裁法的相关规定。
- 如果遇到类似本案例的情况，建议双方当事人及时咨询专业律师，以明确仲裁协议的有效性及后续的法律后果。
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