合同约定按最低工资标准支付加班费是不合法的。劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。下面我将详细解释这一结论，并提供相关的法律背景和建议。

一、加班费的计算标准

根据《劳动法》及相关法律法规，包括《工资支付暂行规定》，加班费的计算依据是法定的，具体标准如下：

1. 延长工作时间：若用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间，需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
2. 休息日工作：若用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休，则需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。
3. 法定休假节日工作：若用人单位安排劳动者在法定休假节日工作，则需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

二、加班费的计算基数确定

加班费的计算基数应当是劳动者的正常工作时间工资，具体确定方式如下：

1. 劳动合同有明确约定：如果劳动合同中明确约定了工资数额，应当以该约定的工资作为加班费的计算基数。若工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应以各项工资的总和作为基数计发加班费。
2. 劳动合同没有明确约定：如果劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确，则应以实际工资作为加班费的计算基数。这包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等所有收入，但需注意，这一基数不得低于当地最低工资标准。

三、最低工资标准与加班费的关系

最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。它是一个保障标准，并非计算加班费的基数。仅以最低工资标准作为计算加班费的基数，会导致劳动者实际获得的加班费低于法定标准，从而侵害劳动者的合法权益。

四、法律建议

劳动者若发现用人单位存在以最低工资标准计算加班费等违法行为，有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。若用人单位拒绝支付或支付不足，劳动者可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉用人单位的违法行为，要求劳动监察部门进行查处。
2. 提起劳动仲裁：如果与用人单位无法协商解决，劳动者可以向当地的劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及相应的赔偿。
3. 寻求法律援助：如果劳动者在维权过程中遇到困难或需要法律帮助，可以向当地的法律援助机构申请法律援助。

综上所述，合同约定按最低工资标准支付加班费是违反法律规定的。劳动者应当了解自己的权益，并在发现用人单位存在违法行为时及时采取措施维护自己的合法权益。