公司按制度扣款900元是否违法，需根据具体情况判断。
首先，我们要明确的是，公司制度所规定的扣薪措施是否违法，主要取决于这些措施是否有明确的法律依据以及是否经过了正规的管理规定程序。依据《劳动法》等相关法律规定，企业在对劳动者进行经济制裁时，应有明确的制度规定，并且这些规定须经过公开透明的民主程序确立，同时向职工公布。
若扣款有正当理由及法律法规支持：例如，员工因个人过失给公司带来了经济损失，且这一损失是可以量化并证明的，那么公司可以依据相关法律法规以及公司内部的管理制度，对员工进行适当的扣款。但扣款金额不应超过该员工当月工资的20%，并确保扣除后的工资仍高于当地最低工资标准。
若扣款无正当理由或缺乏法律依据：例如，公司以无法达到不合理的工作指标为由进行扣款，或者扣款金额超过了员工当月工资的20%，又或者扣除后的工资低于了当地最低工资标准，那么这样的扣款行为将被视为违法。
因此，要判断公司按制度扣款900元是否违法，你需要先查阅公司的相关规章制度，确定扣款的依据是否合法合规。如果扣款行为违反了相关法律法规或者公司内部的管理制度，那么你有权通过劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来保护自己的利益。
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