公司让公司职工注销个体工商户的行为，是否合法需根据具体情况分析。

首先，我们要明确几个关键点：

1. 公司与个体工商户的法律地位：公司是独立的法人实体，而个体工商户通常是由个人或家庭经营，不具有法人资格。
2. 注销个体工商户的法律要求：注销个体工商户需要按照相关法律法规进行，包括提交注销申请、清算债务等。
3. 公司能否要求职工注销个体工商户：这取决于公司与职工之间的约定以及相关法律法规的规定。

现在，我们根据这些关键点来分析问题：

1. 如果公司与职工之间有明确约定：

   • 如果在劳动合同或其他相关协议中，公司明确要求职工在入职或某个时间点前注销个体工商户，并且这一要求不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权要求职工履行这一约定。
   • 如果职工不同意注销，可能会面临违反劳动合同约定的风险，包括可能的违约责任。

2. 如果公司与职工之间没有明确约定：

   • 公司不能单方面要求职工注销个体工商户，因为这涉及到职工的个人财产权和经营权。
   • 在这种情况下，公司如果强制要求职工注销，可能会构成对职工合法权益的侵犯。

3. 法律法规的约束：

   • 无论是否有明确约定，公司在要求职工注销个体工商户时，都必须遵守相关法律法规，如《公司法》、《个体工商户条例》等。
   • 如果公司的要求违反了法律法规的强制性规定，那么这一要求本身就是违法的，职工有权拒绝。

综上所述，公司让公司职工注销个体工商户的合法性取决于公司与职工之间的约定以及相关法律法规的规定。如果公司有合法依据（如劳动合同约定）且不违反法律法规，那么这一要求是合法的；否则，职工有权拒绝。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。