当员工在公司仅购买了商业保险的情况下发生工伤，处理此事需要遵循一定的步骤和原则来确保员工的权益得到妥善保障。以下是一些建议来帮助您理解并协商处理这种情况：
一、明确责任与义务
工伤认定：
- 根据《工伤保险条例》，公司有义务在员工发生工伤后的规定时间内（通常为30日内）向劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
- 若公司未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织有权在1年内自行提出工伤认定申请。
- 申请工伤认定时需提交相关材料，如劳动合同、医疗诊断证明等，以便劳动部门进行核查。
待遇承担：
- 商业保险虽然能提供一定的赔偿，但不能替代工伤保险。
- 公司需承担工伤保险责任范围内的费用，若商业险赔偿不足，公司应补足差额。
二、协商处理步骤
及时救治：
- 员工发生工伤后，首要任务是确保其得到及时有效的医疗救治。
申请工伤认定：
- 公司应尽快启动工伤认定程序，若公司怠于履行此义务，员工或其近亲属可自行申请。
商业险理赔：
- 在工伤认定的同时，公司应通知保险公司，并按照保险合同的约定申请理赔。
补足差额：
- 若商业险赔偿不足以覆盖员工的工伤损失，公司应依据《工伤保险条例》补足差额。
协商与调解：
- 在赔偿过程中，员工与公司可能会产生争议。此时，双方应首先尝试通过协商或调解来解决分歧。
法律途径：
- 若协商不成，员工可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
三、注意事项
保留证据：
- 员工应妥善保留所有与工伤相关的证据，如医疗记录、工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论等。
了解法律：
- 员工和公司都应了解相关法律法规，以便在协商过程中明确各自的权利和义务。
积极沟通：
- 双方应保持积极、坦诚的沟通态度，共同努力寻求合理的解决方案。
综上所述，处理员工在仅购买商业保险情况下发生的工伤事件需要遵循明确的法律程序和责任划分。公司应积极履行其义务，员工也应了解自己的权益并通过合法途径来维护。在协商过程中，双方应注重沟通与合作，以确保问题得到妥善解决。