非法营运载客车辆归交通运输部门、城市管理部门（部分地区）及公安部门共同管理。以下是详细分析：

一. 交通运输部门

1. 职责与权限：交通运输部门是非法营运载客车辆管理的主要部门，依据《中华人民共和国道路运输条例》，对未取得道路运输经营许可擅自从事道路旅客运输的非法营运行为进行监督检查和行政处罚。具体权力包括责令停止经营、没收违法所得以及处以相应罚款。
   • 例如，某私家车未取得道路运输经营许可，擅自从事载客运营，交通运输部门有权对其进行查处，并依据法规进行处罚。

二. 城市管理部门（部分地区）

1. 参与情况：在一些城市，城市管理部门也参与非法营运载客车辆的管理，特别是在城市公共区域，如街道、广场等，对城市秩序和形象造成影响的非法营运行为进行管理和处罚。
   • 例如，在城市主干道或商业区，城市管理部门可能对无合法手续的三轮摩托车、电动四轮车等非法载客行为进行查处。

三. 公安部门

1. 职责与权限：公安部门主要负责维护社会治安秩序，保障合法的交通运输活动，并对非法营运载客车辆中涉及的治安、刑事案件进行查处。例如，处理暴力抗法、妨碍执法公务等行为，以及利用非法营运车辆进行的盗窃、抢劫等犯罪活动。
   • 例如，若非法营运车辆存在超速、超载、闯红灯等交通违法行为，或由此引发治安纠纷，公安部门将依法进行处理。

我建议：公众如发现非法营运载客车辆，应积极向相关部门举报，以维护交通运输市场的秩序和安全。同时，政府也应加强部门间的信息共享和协调机制，提高执法效率，确保法律法规的有效实施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。