结论前置：劳动合同中只写了3000元工资，而实际工资为5000元，这样的合同写法可能存在问题，具体要看实际情况。如果其余2000元是以加班费等其他形式支付，且符合劳动法规定，则可能合法；否则，可能构成未足额支付工资，劳动者有权要求补偿。

详细分析：

1. 合同工资与实际工资不符：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。合同中应明确约定工资数额，且该数额应与实际支付的工资相符。
   • 若合同上只写了3000元，而实际发放的是5000元，那么用人单位需要解释其余2000元的性质，如是否为加班费、奖金、津贴等。

2. 加班费的合法性：

   • 如果其余2000元被用作加班费，那么需要考察加班费的计算是否符合劳动法规定。
   • 加班费通常按照劳动者正常工作时间工资的一定比例计算，且不得低于最低工资标准。
   • 如果加班费计算合法，且用人单位有明确的加班记录和支付凭证，那么这种合同写法可能合法。

3. 未足额支付工资的法律后果：

   • 如果用人单位未能足额支付工资（包括加班费等其他形式的工资），则构成违法。
   • 劳动者有权要求用人单位补足差额，并可能获得经济补偿。经济补偿的标准通常按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。

4. 建议：

   • 劳动者应仔细审查劳动合同，确保合同中的工资数额与实际发放的工资相符。
   • 如果发现合同存在问题，应及时与用人单位沟通，要求更正或补充协议。
   • 如果用人单位拒绝更正或补足工资，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或寻求法律援助。

综上所述，劳动合同中只写3000元工资而实际工资为5000元的情况，需要具体分析其余2000元的性质和支付情况。如果用人单位存在未足额支付工资的情况，劳动者有权要求补偿。