公司在员工工资中扣除全部社保费用是不合法的。接下来，我将为您详细解析这一问题。

首先，根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得随意克扣劳动者工资，但有几种情况是可以代扣的，其中之一就是“用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用”。这意味着，社保中由员工个人承担的部分，用人单位可以从工资中代扣，但这是合法的代扣行为，不属于乱扣工资。

然而，如果用人单位将全部社保费用（包括单位应承担的部分）都从员工工资中扣除，那么这是违反法律法规的。因为社保费用是由单位和个人共同承担的，单位有义务为其员工缴纳相应比例的社保费用。如果单位将全部费用转嫁给员工，那么员工有权向当地劳动管理部门提出申诉，甚至申请劳动仲裁来维护自己的权益。

具体来说，社保各项费用的缴纳比例通常如下：

• 养老保险：单位缴纳比例20%，个人缴纳比例8%。
• 医疗保险：单位缴纳比例8%，个人缴纳比例2%。
• 失业保险：单位缴纳比例1%，个人缴纳比例0.2%（农业户口个人不需缴纳）。
• 生育保险和工伤保险：由单位全额承担，个人不缴费。

因此，用人单位在计算员工薪资时，应只扣除员工个人需承担的那部分社保费用，而不应扣除全部社保费用。如果员工发现自己的工资被不当地扣除了全部社保费用，应及时与用人单位沟通并寻求法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，公司在员工工资中扣除全部社保是不合法的，员工有权对此提出异议并寻求法律援助。希望这个解答能对您有所帮助。