结论前置：工作间隙休息时间不应被扣除加班时间。用人单位应保障劳动者的休息权益，合理安排工作与休息时间。
详细分析：
法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者享有休息的权利。国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度，且用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是为了保障劳动者的基本休息权益，确保其在工作之余有足够的休息时间。
加班与休息时间的区分：加班是指劳动者在法定工作时间之外，为完成工作任务而延长工作时间的行为。而工作间隙的休息时间，是劳动者在工作过程中，为缓解疲劳、恢复体力而设置的短暂休息，它并不属于加班时间，也不应被计入加班时长。
用人单位的责任：用人单位应合理安排劳动者的工作与休息时间，确保劳动者在工作时间内能够高效完成工作任务，同时在休息时间得到充分的休息。如果用人单位将工作间隙的休息时间扣除为加班时间，这实际上是在侵犯劳动者的休息权益，违反了劳动法的相关规定。
建议与措施：如果劳动者遇到用人单位将工作间隙的休息时间扣除为加班时间的情况，可以向用人单位提出异议，要求保障自己的休息权益。如果用人单位不予理睬，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，寻求法律援助和保护。
综上所述，工作间隙的休息时间不应被扣除加班时间，这是劳动者的合法权益。用人单位应严格遵守劳动法的相关规定，合理安排劳动者的工作与休息时间，确保劳动者的身心健康和工作效率。如果你在这方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。