针对工程中甲方私自改造的问题，处理方式需根据具体情况及合同约定来综合判断。以下是我作为律师，结合多领域法律实务经验给出的建议：

1. 明确合同约定：

   • 首先，应详细查阅工程承包合同或相关协议，明确双方对于工程改造、变更的约定。若合同中明确规定了甲方不得私自改造或需经乙方同意后方可进行改造，则甲方私自改造的行为已构成违约。

2. 评估改造影响：

   • 评估甲方私自改造对工程的安全性、质量、进度以及乙方权益的具体影响。这包括改造是否可能导致工程质量下降、安全隐患增加、工期延误或乙方成本增加等。

3. 与甲方沟通：

   • 在发现甲方私自改造后，应及时与甲方进行沟通，了解其改造的动机、目的及具体改造内容。通过沟通，尝试寻求双方都能接受的解决方案，如甲方同意恢复原状、承担相应责任或双方协商调整合同内容等。

4. 采取法律措施：

   • 若沟通无果，或甲方私自改造行为严重损害乙方权益，乙方可考虑采取法律措施维护自身权益。这包括但不限于向甲方发出书面警告、要求甲方停止改造并恢复原状、向相关部门举报甲方违法行为、提起民事诉讼要求甲方承担违约责任及赔偿损失等。

5. 保留证据：

   • 在整个过程中，乙方应妥善保留相关证据，如合同文本、改造前后的照片、视频、沟通记录等。这些证据在后续的法律纠纷中将起到至关重要的作用。

综上所述，处理工程中甲方私自改造的问题需综合考虑合同约定、改造影响、双方沟通情况及法律措施等多个方面。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。