单位不同意注销施工员证的情况下，你仍然可以依据相关流程进行注销，因为施工员证的注销主要依赖于个人意愿和符合相关规定的条件，而非单位的同意。具体分析如下：

一. 施工员证注销的主动权

• 施工员证的注销通常是由持证人本人提出的，并且需要符合一定的条件，如证书有效期届满、持证人不再从事相关工作等。这些条件并不涉及单位的同意与否。
• 因此，即使单位不同意，只要你符合注销条件，仍然可以按照相关规定进行注销申请。

二. 注销施工员证的流程

• 提交申请：你需要向原发证机构提交注销施工员证的申请，并附上相关证明材料，如身份证明、原证书等。
• 审核材料：原发证机构会对你的申请材料进行审核，确认你是否符合注销条件。
• 办理注销：审核通过后，原发证机构会为你办理施工员证的注销手续，并收回原证书。

三. 法律依据

• 虽然《中华人民共和国建筑法》等法律法规主要规定了施工许可证的相关内容，对于施工员证的注销并没有直接规定。但根据一般行业惯例和证书管理原则，证书的注销主要依赖于个人意愿和符合相关规定的条件。
• 因此，在注销施工员证的过程中，你应重点关注原发证机构的具体要求和流程，并按照其指导进行操作。

综上所述，即使单位不同意，你仍然可以依据个人意愿和符合相关规定的条件进行施工员证的注销申请。如有进一步需要，您可以继续咨询我。