当法院对当事人诉讼中达成的调解协议不予确认时，当事人可以采取以下措施来应对：

首先，明确不予确认的原因：

法院不予确认调解协议，通常是因为协议存在违反法律强制性规定、损害国家利益或社会公共利益、侵害案外人合法权益、违背公序良俗、违反自愿原则、内容不明确无法履行，以及涉及刑事责任等情形。因此，当事人首先需要了解法院不予确认的具体原因，以便有针对性地采取措施。

接下来，根据具体原因采取相应的应对措施：

1. 修改协议内容重新申请：

   • 如果协议内容存在违法、违背公序良俗或损害他人合法权益等问题，当事人应重新审视协议，与对方重新协商，对有问题的协议条款进行修改和调整，确保新达成的调解协议合法合规，且不损害他人权益。之后，可再次向法院申请司法确认。

2. 申请复议：

   • 如果当事人认为法院不予确认的裁定存在事实认定错误、法律适用不当等情况，可以依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，在法定期限内向上一级人民法院申请复议。申请时，要详细说明理由，并提供相应的证据，争取通过复议程序改变原裁定结果。

3. 补充完善程序或证据：

   • 如果调解程序存在瑕疵，当事人可以与法院沟通，看能否补充完善相关程序或证据，以促使法院重新审查并确认调解协议的效力。

4. 诉讼撤销原协议：

   • 如果调解协议本身存在重大误解、显失公平等可撤销情形，当事人可以通过诉讼请求撤销原调解协议，并重新达成合法有效的协议，以维护自身合法权益。

综上所述：

法院对调解协议不予确认时，当事人应首先了解不予确认的具体原因，并根据原因采取相应的应对措施。无论是修改协议内容重新申请、申请复议、补充完善程序或证据，还是诉讼撤销原协议，都需要当事人根据具体情况进行权衡和选择。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。