被纪委立案调查的事业单位工作人员，年底考核等次不应给予合格。以下是具体的法律分析：

一. 事业单位工作人员考核规定

• 根据《事业单位工作人员考核暂行规定》以及一般的事业单位人事管理规定，事业单位工作人员的考核等次通常与其工作表现、遵纪守法情况等因素挂钩。

二. 纪委立案调查的影响

1. 立案调查的性质：纪委立案调查通常意味着被调查人员涉嫌违纪违法，这本身就是一个严重的负面评价。
2. 考核等次的评定：在年底考核时，如果被调查人员仍处于纪委立案调查阶段，或者已被查实存在违纪违法行为，那么其考核等次理应受到负面影响，不应给予合格。

三. 实际操作的考量

• 在实际操作中，事业单位的人事部门或考核委员会在评定考核等次时，会充分考虑被调查人员的具体情况。如果被调查人员确实存在违纪违法行为，那么给予其不合格的考核等次是合理的，也是符合规定的。

综上所述，我建议对于被纪委立案调查的事业单位工作人员，在年底考核时，应根据其具体情况和纪委调查的结果，谨慎评定其考核等次。如果确实存在违纪违法行为，那么不应给予其合格的考核等次。如有进一步需要，您可以继续咨询我。