针对您提出的问题“菌户起诉菌种不好，无证经营会判输吗”，首先我要明确的是，案件的判决结果并不是由单一因素决定的，而是需要综合考虑多个方面的证据和法律规定。下面我将从几个角度为您分析这个问题：

1. 菌种质量问题：

   • 如果菌户能够提供充分的证据证明菌种确实存在质量问题，比如通过专业的检测报告或者专家鉴定，那么这将是菌户赢得诉讼的有力依据。
   • 菌种质量问题可能涉及生产、销售等多个环节，需要具体分析是哪个环节出了问题，以及责任应该由谁来承担。

2. 无证经营问题：

   • 无证经营确实是一个违法行为，但它并不是决定案件输赢的唯一因素。法院在判决时会综合考虑无证经营与菌种质量问题之间的因果关系。
   • 如果无证经营与菌种质量问题没有直接因果关系，那么无证经营本身可能不会直接导致菌户输掉诉讼。但无证经营可能会作为被告方的一个过错点，在赔偿金额或者责任划分上产生一定影响。

3. 法律程序和证据：

   • 无论菌种质量如何，无证经营是否成立，案件的关键都在于证据。菌户需要提供充分的证据来证明自己的主张，包括菌种质量问题的证据、无证经营的证据以及因此造成的损失证据等。
   • 法律程序也是非常重要的，菌户需要按照法律规定的程序进行起诉、举证、质证等，以确保自己的权益得到保障。

综上所述，菌户起诉菌种不好，无证经营是否会判输，并没有一个确定的答案。这需要根据具体的案件情况、证据以及法律规定来综合判断。因此，我建议您在起诉前咨询专业的律师，对案件进行全面的评估和分析，以制定合适的诉讼策略。如果您有任何具体的法律问题或者需要进一步的帮助，请随时向我咨询。