对于无证经营二级木耳菌种的情况，其判决主要依据的是《中华人民共和国种子法》以及《食用菌菌种管理办法》的相关规定。

首先，根据《中华人民共和国种子法》的相关规定，从事菌种生产经营必须取得相应的许可证。如果未取得食用菌菌种生产经营许可证就从事菌种生产经营，那么这一行为将被视为违法。

具体到您所提到的二级木耳菌种的无证经营情况，参考冠县农业农村局的一则行政处罚信息，可以得知：对于未取得食用菌菌种生产经营许可证而从事菌种生产经营的冠县真真食用菌种植场，冠县农业农村局依据相关法律法规对其进行了处罚。处罚措施包括没收违法生产经营的菌包、没收违法所得以及罚款。

因此，对于无证经营二级木耳菌种的情况，相关部门通常会依法进行查处，并可能采取包括但不限于没收违法物品、没收违法所得以及罚款等处罚措施。具体的处罚力度和方式可能会因地区、具体案情以及相关法律法规的更新而有所差异。

为了避免不必要的法律风险，建议从事菌种生产经营的单位或个人务必依法取得相应的许可证，并严格遵守相关法律法规的规定。如果您对具体的法律法规或申请流程有疑问，可以咨询当地的农业农村局或相关法律专业人士以获取准确的信息和指导。