针对“无证生产木耳二级菌种怎么处罚”这一问题，核心结论如下：

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国种子法》等相关法律法规，无证生产木耳二级菌种属于违法行为，相关部门（如农业行政主管部门）有权对其进行行政处罚。
   • 处罚措施可能包括没收违法所得、罚款等，具体罚款数额根据违法情节的严重程度而定。

2. 刑事责任：

   • 若无证生产行为情节严重，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。例如，若生产过程中使用了禁用物质或造成了严重后果，可能涉及生产、销售伪劣产品罪等相关罪名。

3. 民事责任：

   • 若因无证生产木耳二级菌种导致他人（如消费者、种植户）遭受损失，生产者还可能需承担民事赔偿责任。

作为律师，我提醒您，无证生产不仅违反了法律法规，还可能对消费者和种植户造成损害。若您或您身边的人涉及此类问题，建议及时停止违法行为，并主动向相关部门说明情况，以减轻可能的法律后果。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。