针对未经行政许可生产菌种的处罚问题，结论如下：

1. 行政处罚的法律依据与种类

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关农业、生物技术领域的特别法规（如《农业转基因生物安全管理条例》等，具体需根据菌种类型确定），未经行政许可擅自生产菌种的行为，属于违法行为，将面临行政处罚。
   • 处罚种类可能包括：警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或吊销许可证等。具体处罚种类和幅度，需根据违法行为的性质、情节、后果以及相关法律法规的具体规定来确定。

2. 处罚的考量因素

   • 违法行为的性质：未经许可生产菌种，可能涉及生物安全、公共卫生安全等重大问题，因此处罚通常较为严厉。
   • 违法行为的情节：包括生产规模、持续时间、是否造成实际危害等。情节越严重，处罚越重。
   • 违法行为的后果：如果未经许可生产的菌种已经流入市场或造成其他实际危害，将面临更严厉的处罚。
   • 是否配合调查：如果违法行为人在调查过程中积极配合，主动交代问题，可能在一定程度上减轻处罚。

3. 具体处罚示例

   • 假设某企业未经许可擅自生产某种菌种，且生产规模较大，持续时间较长，但尚未造成实际危害。根据相关法律法规，该企业可能面临罚款、没收违法所得、责令停产停业等处罚。
   • 如果该企业生产的菌种已经流入市场，且造成了一定程度的公共卫生安全事件，那么该企业将面临更严厉的处罚，包括但不限于高额罚款、吊销许可证、承担民事赔偿责任，甚至可能涉及刑事责任。

4. 法律建议

   • 立即停止违法行为：如果发现自己或他人未经许可擅自生产菌种，应立即停止该行为，以避免进一步的法律后果。
   • 主动配合调查：在相关部门进行调查时，应积极配合，如实交代问题，以争取从轻或减轻处罚。
   • 寻求法律帮助：如果面临行政处罚或法律纠纷，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果和应对策略。

后续行动建议：

• 如果您或您认识的人涉及未经行政许可生产菌种的问题，建议立即停止该行为，并主动向相关部门报告情况，配合调查处理。
• 如需进一步了解具体的法律条款和处罚标准，或需要法律帮助和咨询，请直接向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律解释和建议。