当承包人主张建设工程施工合同中的部分条款无效时，发包人应当采取一系列策略来妥善应对。以下是一些具体的建议：

一、确认合同条款的有效性

1. 仔细审查合同条款：

   • 发包人应首先仔细审查被承包人主张无效的合同条款，了解其具体内容和背景。
   • 对照相关法律法规，如《中华人民共和国民法典》中关于合同无效的规定，判断这些条款是否真的存在无效情形。

2. 咨询专业法律意见：

   • 如有必要，发包人可以咨询专业的法律顾问或律师，以获取更准确的法律判断。

二、评估工程状况与合同执行情况

1. 检查工程进展：

   • 发包人应检查当前工程的进展状况，包括已完成的工程量、质量以及是否存在与合同条款相关的争议。

2. 评估合同执行情况：

   • 分析合同的整体执行情况，包括双方是否已按合同约定履行了各自的义务，以及是否存在其他可能影响合同条款有效性的因素。

三、与承包人协商

1. 沟通协商：

   • 在确认合同条款可能无效后，发包人应积极与承包人进行沟通，尝试通过协商达成一致意见。
   • 双方可以探讨修改合同条款、补充协议或采取其他补救措施的可能性。

2. 寻求和解：

   • 如果双方争议较大，可以考虑寻求第三方的调解或和解，以避免进一步的法律纠纷。

四、法律应对与风险防范

1. 准备法律文件：

   • 如协商无果，发包人应准备相关的法律文件，包括合同文本、证据材料以及法律意见书等，以备后续可能的法律诉讼之需。

2. 采取法律行动：

   • 在必要时，发包人可以依法向法院提起诉讼或申请仲裁，请求确认合同条款的有效性或寻求其他法律救济。

3. 风险防范：

   • 发包人应加强对合同履行的监督和管理，确保工程质量和安全，同时防范因合同条款无效而可能引发的法律风险。

五、后续处理

1. 根据法律判决或裁定执行：

   • 如果法院或仲裁机构对合同条款的有效性作出判决或裁定，发包人应严格按照判决或裁定来执行。

2. 总结经验教训：

   • 无论结果如何，发包人都应总结此次事件的经验教训，完善合同管理制度，避免类似问题再次发生。

综上所述，当承包人主张建设工程施工合同中的部分条款无效时，发包人应冷静应对，通过仔细审查合同条款、评估工程状况、与承包人协商以及采取必要的法律措施来维护自身合法权益。同时，也应加强风险防范和后续处理工作，确保工程的顺利进行和合同的合法履行。