核心结论：承包合同无效但款项已支付给实际施工人时，发票处理需分情况讨论，主要取决于实际施工人是否具备开票资格及合同无效的具体原因。以下是具体分析：

1. 实际施工人具备开票资格（如为个体工商户或企业）
   若实际施工人属于合法经营主体（如个体工商户、公司等），且合同无效的原因不涉及税务违法（如虚构交易、虚开发票等），则实际施工人应按照实际收到的款项金额向付款方开具合法发票。此时，付款方可依据《发票管理办法》要求实际施工人履行开票义务，若对方拒不开具，可向税务机关举报或通过诉讼主张权利。

2. 实际施工人不具备开票资格（如为自然人）
   若实际施工人为自然人且无开票资格，付款方需分两种情况处理：

   • 税务合规路径：根据《个人所得税法》及实施条例，实际施工人需就取得的收入缴纳个人所得税（通常按“劳务报酬所得”或“经营所得”计征）。付款方可代扣代缴税款后，向税务机关申请代开发票（如通过电子税务局或办税服务厅办理），以此作为合法入账凭证。
     
   • 风险警示：若付款方未履行代扣代缴义务或未取得合法发票，可能面临税务机关的处罚（如罚款、滞纳金），且在财务核算中无法将该支出列为合法成本，导致企业所得税税前扣除风险。

3. 合同无效涉及税务违法（如虚开发票、偷逃税款）
   若合同无效的原因是双方恶意串通虚开发票、偷逃税款等违法行为，则不仅发票无效，还可能涉及行政处罚甚至刑事责任。此时，付款方需立即停止使用虚假发票，主动向税务机关补缴税款及滞纳金，并配合调查以减轻法律责任。若实际施工人已开具发票，需通过红字冲销等方式作废原发票，重新按实际交易金额处理。

实务建议：

• 付款方应保留合同无效的证据（如法院判决、仲裁裁决等），以证明交易背景及款项性质。
  
• 在支付款项前，要求实际施工人提供合法开票承诺或税务登记证明，降低后续风险。
  
• 若涉及大额交易，建议提前咨询税务机关或专业律师，设计合规的交易结构（如通过第三方平台代付代开）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。