若合同被法院判定无效，已开具的发票处理需分情况讨论，具体如下：

1. 发票的效力与合同无效的关系
   合同无效并不直接导致发票无效。发票是财务凭证，其效力取决于是否符合《发票管理办法》的规定（如真实性、合法性）。若发票本身符合开票要求（如交易真实发生、票面信息准确），即使合同无效，发票仍可作为财务记账或税务处理的依据。但需注意：若合同无效导致交易实质未发生（如虚构交易），则发票可能被认定为“虚开”，需承担税务风险。

2. 发票的后续处理方式

   • 若交易实际发生但合同无效：
     例如，承包合同因违反法律强制性规定（如未取得资质）被判无效，但工程已实际施工并验收。此时发票可保留，但需结合法院判决调整财务处理：
     
     • 承包方已开具发票的，发包方可凭发票入账，但需在财务备注中说明“合同无效，按实际结算处理”；
       
     • 若法院判决返还财产或赔偿损失，双方需根据判决调整账务（如冲减收入、计提损失等），但发票本身无需作废或红冲。
       
   • 若交易未实际发生或合同被撤销：
     例如，合同因欺诈、胁迫被撤销，且工程未施工。此时发票可能涉及“虚开”风险，需按以下步骤处理：
     
     • 承包方应联系税务机关申请作废或红冲发票（需提供法院判决书、合同无效证明等材料）；
       
     • 发包方需将已入账的发票金额冲回，避免税务稽查风险；
       
     • 若发票已跨月或已认证，需通过红字发票信息表办理冲红，并调整对应税款。

3. 税务合规与风险防范

   • 增值税处理：合同无效可能导致纳税义务变化。例如，承包方原按“建筑服务”开具发票，若合同无效后工程未施工，需向税务机关说明情况，避免被认定为“未发生应税行为却开具发票”。
     
   • 企业所得税处理：发票对应的成本或收入需根据法院判决调整。例如，发包方原将发票金额计入工程成本，若合同无效后需返还工程款，则成本需冲回，并调整当期应纳税所得额。
     
   • 法律责任：若故意利用无效合同开具发票逃避税款，可能构成“逃税罪”或“虚开发票罪”，需承担刑事责任。

建议：

1. 立即整理合同、发票、法院判决书等材料，评估交易实际发生情况；
   
2. 根据交易是否实际发生，联系税务机关或专业税务律师处理发票作废、红冲或调整账务；
   
3. 在财务处理中备注“合同无效”及法院判决结果，留存备查；
   
4. 若涉及大额交易或复杂税务问题，建议委托律师协助与税务机关沟通，降低风险。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。