工伤职工的停工留薪期应以医疗机构出具的意见为准，若与劳动能力鉴定委员会的确认存在不一致，建议与单位沟通，并申请劳动能力鉴定委员会再次确认。具体分析如下：

一. 停工留薪期的决定依据

• 根据《工伤保险条例》第三十三条，停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
• 停工留薪期的期限实际上是由医疗机构出具的意见决定的，这是法规的明确规定。

二. 当前情况分析

• 您工伤后3个半月复查，医生又开了半个月的休息单，这说明根据您的伤情，医疗机构认为您仍需要休息。
• 然而，劳鉴停工留薪期给的是三个月，与医疗机构出具的意见存在不一致。

三. 建议处理方式

1. 与单位沟通：首先，您可以与所在单位沟通，说明医疗机构已经出具了需要继续休息的意见，并请求单位按照医疗机构的意见执行。
2. 申请再次确认：如果单位不同意按照医疗机构的意见执行，您可以向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请再次确认停工留薪期。在申请时，提交医疗机构出具的休息单作为证据。
3. 法律保障：在整个过程中，您要保留好所有相关的医疗文书和劳动能力鉴定委员会的决定，以备不时之需。如果权益受到侵害，可以依法维护自己的合法权益。

综上所述，工伤职工的停工留薪期应以医疗机构出具的意见为准。在当前情况下，建议您与单位沟通，并申请劳动能力鉴定委员会再次确认停工留薪期。如有进一步需要，您可以继续咨询我。