下班途中被撞认定为工伤，司机已经赔偿后，工伤仍应赔偿。具体分析如下：
工伤认定与赔偿原则：
- 根据《工伤保险条例》，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。
- 工伤保险是基于劳动关系而设立的法定补偿制度，与民事赔偿（如司机赔偿）是两种不同的法律关系，互不排斥。
赔偿项目与方式：
- 民事赔偿：主要由肇事司机及其保险公司承担，包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金等。
- 工伤保险赔偿：由工伤保险基金和用人单位承担，包括治疗期间的工资福利、一次性伤残补助金、一次性工伤医疗补助金等。
- 对于医疗费等实际发生的费用，若肇事司机已赔付，工伤保险基金或用人单位在支付待遇时可相应扣除，以避免重复赔偿。
实际操作建议：
- 在获得肇事司机赔偿后，仍应及时向用人单位或当地社保部门申报工伤，以保障自身合法权益。
- 申报工伤时，需提交相关证据材料，如交通事故责任认定书、医疗费用收据等。
- 若对工伤认定或赔偿有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
综上所述，下班途中被撞认定为工伤后，即使司机已经赔偿，工伤仍应赔偿。两者是基于不同法律关系的赔偿，互不冲突。在获得民事赔偿后，仍应依法申报工伤，以享受工伤保险待遇。