法院会根据双方提供的证据，结合相关法律规定，对借贷纠纷作出判决。具体分析如下：

一. 借贷纠纷的认定

1. 借贷关系成立：首先，法院会审查你与单位之间是否存在借贷关系，包括借贷合意、借款金额、借款用途、还款期限等要素。你垫付社保39000元的事实，如果双方有明确的借贷合意，如书面借条、聊天记录等证据支持，那么借贷关系即可成立。

2. 已还款项的扣除：单位在举证期间已经给了你2000元，这部分款项如果双方均认可为还款，那么应从总借款金额中扣除。即，实际未还借款金额为39000 - 2000 = 37000元。

二. 法院判决的依据

1. 证据充分性：法院会重点审查双方提供的证据是否充分、合法、有效。你应提供证明借贷关系成立的证据，如借条、转账记录等；单位则应提供证明已还款2000元的证据，如还款记录、收据等。

2. 法律规定：根据《民法典》等相关法律规定，合法的借贷关系受法律保护。法院会依据这些法律规定，结合案件事实，对借贷纠纷进行审理和判决。

三. 可能的判决结果

1. 支持你的诉讼请求：如果法院认定借贷关系成立，且单位未完全履行还款义务，那么法院可能会判决单位向你偿还剩余借款37000元及相应利息（如有约定）。

2. 部分支持或驳回：如果法院认为部分证据不足或存在争议，可能会部分支持你的诉讼请求，或者驳回你的部分或全部诉讼请求。

我建议：你应准备好充分的证据，包括借条、转账记录、聊天记录等，以证明你与单位之间的借贷关系和单位的未还款金额。同时，关注单位的举证和法院的审理过程，如有需要，可及时补充证据或提出抗辩。如有进一步需要，您可以继续咨询我。